El colegio Francisco Javier Mina, fue fundado por un grupo de religiosas procedentes de Aguascalientes, Ags. Las Hermanas iniciadoras fueron: Rosario Padilla, Angelina Márquez, Beatriz Durazo y Josefina Maciel de la Congregación de Misioneras Hijas de la Vírgen María, dicha Congregación fue fundada por la venerable Madre Julia Navarrete Guerrero.
En sus inicios llevó el nombre de Centro Misional San Francisco Javier que atendía niños Huastecos “Tenek” de comunidades cercanas; al incorporarse el colegio a la SEP, se le cambió el nombre por el de Colegio Francisco Javier Mina ubicado en el atrio de la Parroquia de San Miguel Arcángel, después de algunos años comenzaron a inscribirse algunos niños mestizos.