La Escuela Preparatoria por Cooperación Flores Magón, fué fundada en 1986 por iniciativa de algunas personas de la comunidad, ante una necesidad de ofrecer a los jóvenes una institución de nivel medio superior. Asisten a ella jóvenes de la misma comunidad de Santo Domingo Tonalá así como también de comunidades que se encuentran en la periferia.
En este mismo año le es otorgado el Reconocimiento de Validez Oficial de Estudios (RVOE), publicado en el Diario Oficial de la Federación. Durante este tiempo se contó con un número considerable de alumnos egresados, logrando profesionalizarse en distintas áreas de la ciencia y la tecnología.